Alpha Protocol Obsidian Entertainment tarafından geliştirilen RPG mekaniklerine sahip bir aksiyon oyunudur ve 27 Mayıs 2010'da çıkış yapmıştır. Alpha Protocol'de istihbarat örgütü için çalışan gizli bir ajan olan Michael Thorton rolünü üstleniyoruz. Ana hedefimiz, Orta Doğu'da sivil bir uçağa yapılan füze saldırısının sorumlularını bulmaktır. Soruşturma devam ederken, ana kahramanımız tüm dünyanın siyasi dengesini tehdit eden bir komploya dair bir ipucuyla karşılaşır. Dahası, Michael teşkilatı ile bağlarını koparmak ve kendi başına çalışmak zorunda kalır. Oyun, derin ve geliştirilmiş görev sistemine sahiptir. Oyun boyunca sık sık zor seçimlerle karşılaşırız ve seçimlerimizin sonuçları da oyunun gidişatını etkilemektedir. Eylemlerimize bağlı olarak, oyun üç farklı şekilde sona erebilir.
NPC'lerle profesyonel, agresif ve nazik olmak üzere üç şekilde diyalog kurabiliyoruz. Oyuncu tarafından benimsenen yaklaşım, NPC'lerin davranışları üzerinde doğrudan bir etkiye sahiptir ve yeni arkadaşlar edinmenize ya da belirli bir organizasyonla ilişkilerinizi tamamen kesmenizle sonuçlanabilir. Michael, araştırması sırasında mevcut beş karakter sınıfından birine bürünebilir ve bir asker veya üst düzey bir teknoloji uzmanı olabilir. Beceri ağacı, her biri on beş beceri olmak üzere dokuz farklı kategoriden oluşturulmuştur.
Beceriler pasif ve aktif olarak ikiye ayrılmıştır. Ek olarak, her başarı, istatistiksel bonuslar ve ek deneyim puanları sunan bir perk ile ödüllendirilir. Oyunun bir diğer önemli yönü de görevler sırasında bulunabilen veya saklanma yerlerinden satın alınabilen zırhlar, silahlar ve aletlerden oluşan ekipmanlardır. Oyuncular gerçek zamanlı aksiyonu üçüncü şahıs bakış açısından göstermektedir. Geliştiriciler bir göreve birden fazla şekilde yaklaşılabilmesini sağlamıştır. Oyuncu "ateşli silahlar" yaklaşımını seçebilir veya sessizce girebilir. Ayrıca oyunda belirtilen metin dizelerini takip etmek ve eşleştirmemiz gereken basit mini oyunlarla zenginleştirilmiştir.
Yolculuk boyunca karşımıza çıkan normal birimler ve önemli ölçüde daha dirençli olan patronlar da dahil olmak üzere bir dizi düşmanla yüzleşmek zorundayız. Michael Thorton araştırması sırasında Moskova, Roma ve Taipei'yi ziyaret eder. Mafya villaları, gecekondu mahalleleri, lüks yatlar, askeri havaalanları ve çeşitli sığınaklar gibi yerler içerdiğinden, mekanların çeşitliliği dikkat çekicidir. Görevler günün farklı saatlerinde gerçekleşiyor ve bu da görevi daha kolay ya da daha zor hale getirebiliyor. Alpha Protocol ortalama 15 saat süren bir oynanışa sahiptir.